一是物流系统性不强，网络化程度低，呈现分散、独自发展的态势，基础设施的配套性、兼容性较弱。综合交通运输体系尚未完全形成，综合交通运输枢纽建设滞后，不同运输方式难以进行合理分工和有效衔接，沿海和内陆集疏运体系不配套，各种运输方式之间信息不共享，交通运输资源综合利用效率不高；海铁联运比例不到2％（发达国家已达20％）；一些地方盲目大量兴建物流园区、物流中心造成闲置；仓储设施分布在不同行业和部门，缺乏有效的资源整合；托盘标准不统一，不能一贯化运作；地方保护、部门封锁比较严重，工商、税收、土地、交通等方面存在一些阻碍和限制分支机构设立和经营的问题。

　　二是物流基础设施结构性短缺。部分煤运通道铁路运力不足，公路分担了大量煤炭中长途运输，增加了运输成本，消耗了大量优质能源；部分沿江通道由于高等级航道占比低、网络化程度不高；航空货运基础设施发展总体不足；仓储建设严重滞后，仓库面积仅为美国的1／4，比日本的仓储面积还少。全国公共通用仓库中，1980年以前建造的约占45％，20世纪八九十年代建造的约占30％，2000年以来新建的仅约占25％。相当一部分20世纪五六十年代建的仓库“带病作业”，存在重大安全隐患。

　　三是与制造业、农业、商贸联动不足，物流速度慢、成本高、渠道不畅、模式陈旧已经成为制约制造业由大变强、解决三农问题、商贸服务和电子商务持续发展的瓶颈。

　　四是国际化能力不强。与我国高增长的国际贸易相比，物流业尚未形成与之相配的全球物流和供应链体系，国际市场份额很低，进出口所需的物流服务很大程度上需要依赖国外跨国物流企业。我国与200多个国家建立起了贸易联系，但是国内没有一家物流企业能够提供全球送达业务。

　　五是公平竞争、规范有序的物流市场尚未形成。一些地方政府给跨国物流企业在用地、税收等方面诸多优惠，使其享受超国民待遇。许多中小物流企业经营不规范，服务意识淡薄，法律意识不强，诚信严重缺乏。

　　六是物流业整体创新能力弱。物流业企业创新动力不强，研发投入很低，商业模式创新、组织创新、技术创新、管理创新等滞后，尚未进入以创新引领的发展阶段。

　　七是不可持续问题突出。公路、航空、铁路、水路等运输方式的资源、能源、土地等消耗和大规模排放问题突出。无效运输、不合理运输、过度包装等问题严重；超载、超速造成的严重人身安全和货物损害事故经常发生，给企业和国家带来重大损失。

　　八是应急能力薄弱。在应对各类重大突发性事件时，难以做到“第一时间”应急物资的保障。