神舟九号此次升空，搭载的航天员是大家关注的焦点。记者6月10日从酒泉卫星发射基地了解到，2男1女3名航天员和3名预备航天员已于6月9日上午抵达酒泉卫星发射中心并下榻问天阁，即将参加全系统的发射演练并参加发射任务。6月10日上午，航天员在酒泉卫星发射中心圆梦园参加了植树、升国旗等活动。

6月9日上午，通往航天城的公路和航天城问天阁附近的道路全面戒严，3名航天员和3名预备航天员乘坐专机从北京南苑机场飞抵酒泉卫星发射中心附近机场，随后乘坐专车抵达航天城问天阁。先前，工作人员就对问天阁进行了全面消毒，将其与外界完全隔离。直到发射结束，除相关人员之外，任何人都不能靠近问天阁。

目前，发射场尚未公布执行神舟九号飞行任务的3名航天员名单，但已确定了两男一女的飞行组合。同时搭乘神舟九号飞船的还有活体蝴蝶(卵和蛹)升空。