2009年2月11日，海关总署、财政部、国家税务总局和国家外汇管理局联合批准设立南宁保税物流中心，同年5月28日正式动工，12月22日通过验收，2010年6月正式封关运作。南宁保税物流中心规划用地面积53.55公顷，一期规划建设封关面积29.29公顷，总投资约10亿元，保税中心内建设保税仓库30420㎡，预留17784㎡保税仓库用地，建设堆场58954㎡。

　　南宁保税物流中心的设立，对提升自治区首府南宁市的投资环境产生了积极的影响，既增强进入南宁投资的跨国公司国际化运作的承载能力，也为广西区内乃至我国中南、西南地区的企业参与国际市场建立一条便捷通道，成为中国—东盟深化合作的重要平台。运营三年来，南宁保税物流中心运用国家保税物流政策，日益发挥“晶核”的作用，辐射广西、广东、云南、贵州、湖南等地，吸引了海外及各地客商纷至沓来发展业务。2011年，南宁保税物流中心办理的保税物流业务报关单是2010年全年的12倍，总货值是2010年全年的4倍，总重量约是2010年全年的6倍；2012年，南宁保税物流中心共办理报关单5735票，同比增长55.5%，累计入库税款4.34亿元，同比增长80.6%，监管货值5.01亿美元。2013年1-8月，共办理报关单3652票，出入园区货物同比增长65.12%，总货值同比增长17.27%以上。目前，南宁保税物流中心已与23家企业正式签订了长期合作协议。