当前，我国农产品冷链物流已有一定规模的发展，但仍然存在诸多亟需解决的问题。与发达国家比较，我国冷链物流产业的发展仍较为落后，另一方面，我国农产品冷链物流的断链现象较为严重。在大的发展机遇之外，也存在一些大的潜在威胁。

第一，国外风险资本的涌入会提高该行业进入壁垒，甚至威胁到国家安全。近年来，金融市场不景气，以前不受关注的农产品市场受到众多风险投资基金的追捧，冷链物流作为一个新兴行业更是吸引了全球资本家的眼球。作为美国最大私募基金之一的黑石基金已经通过并购等资本运作方式控制了我国100多个批发市场。一方面，外资的引入的确对该行业的迅速发展起到一定的促进作用，但如果一旦出现大规模并购，就会挤占国内市场，威胁到国内300万家物流企业的生存，可以说控制了渠道就控制了定价权，情况严重的话会影响到国家经济安全。

第二，第三方物流企业可能存在诚信风险，全程温度控制未能确保实现。目前很少有冷链物流企业能保证对整个供应链环节的温度控制，使得多数生产厂家不愿也无法放心地将冷藏物流业务外包，而是自行经营，如双汇自去年出现重大事故后就积极打造自己的冷链系统。即使选择外包，也是区域性部分配送和短途冷藏运送，这在一定程度上也阻碍了第三方冷藏物流的发展。所以，第三方物流企业必须坚守诚信原则，建立好自己良好的信誉，才会促使整个产业健康发展。

第三，短期成本上涨会转嫁给消费者。近年来，国内冷链物流企业如雨后春笋般涌现，不过，“繁荣”的背后问题不少。自建冷藏仓库、购买冷藏车等成本支出，短期内将给物流配送企业带来一定资金压力，而这部分投入将会通过产品价格提高转嫁给消费者。