税收过重是深圳物流企业反映的主要负担之一。据调查，有69.18%的受调查企业认为，税收负担有所加重。有63.06%的企业认为，增值税是目前企业负担最重的税费。“物流业税收支出增长快于营业收入和利润增长，这也是导致企业净利润普遍出现下滑的重要原因。”该报告分析说。

由于实行“营改增”后，需按货物运输服务税目执行11%的税率，这对物流企业冲击较大。以盐田区拖车企业为例，企业普遍反映税收增加1倍以上。“主要是因为可抵扣进项税额偏少，工资、房屋租金、过路过桥费等主要费用都不在抵扣范围，且许多地方高速公路加油难以取得增值税专用发票。”

业内人士称，我国物流企业税收支出增长，高于全国宏观税负水平。沉重的税负压力，不利于企业成长壮大。部分物流企业呼吁，深圳应针对物流业进行税费调整，降低税负，并执行统一税率。同时，应当将房屋租赁费、过路过桥费尽快纳入抵扣范围，改善企业生存环境。